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L'hivernation est un processus physiologique très proche de l'hibernation. La seule différence entre ces deux termes est le niveau de conscience que conserve le reptile pendant ces phases de mise au ralenti de l'organisme.

Ces deux processus existent d'ailleurs chez bien d'autres espèces animales comme les ours ou les marmottes. Ils sont synonymes de mise en veille de la plupart des fonctions vitales. Les sens sont endormis et mêmes les fonctions les plus vitales se voient très ralenties. Seules celles que l'on dit réflexes, comme la respiration ou le battement du cœur continuent à fonctionner d'elles-mêmes à un rythme plus ou moins soutenu.

Un reptile en hivernation voit ses fonctions se ralentir, mais pas au même niveau qu'un hibernant. Le premier peut généralement manger, uriner, donner naissance aux petits pour les femelles, ce qui n'est pas possible pour un reptile en hibernation. Pour simplifier on pourrait dire que l'hivernation est le mode ralenti du reptile alors que l'hibernation serait le mode pause.

Dans tous les cas, les pulsations cardiaques se font plus espacées et les flux sanguins se ralentissent. Chez certaines espèces, le métabolisme peut diminuer jusqu'à 98 %. Lors des phases d'hivernation le cerveau reste quand même actif voir réactif. Ces comportements sont induits par le raccourcissement des jours et la baisse des températures.

L'hibernation est provoquée par une température inférieure à la température moyenne préférée de l'espèce du reptile. L'arrêt des activité est total, l'animal frôle l'anorexie et il ne s’abreuve même plus. En captivité il faut absolument respecter ces cycles vitaux. Ils permettent notamment au reptile de caler ses cycles de reproduction. Les basses températures et l'obscurité agissent sur le système endocrinien qui déclenche ces cycles. Pour les reptiles originaires de climats chauds et qui ne connaissent donc pas d'hiver, il suffit de les faire hiverner en abaissant la température ambiante de 3° pendant deux mois.